Hideyoshi tìm kiếm danh hiệu shogun để thực sự được coi là người nắm quyền thống trị Nhật Bản. Tuy nhiên Hoàng đế không ban cho ông tước hiệu đó. Ông yêu cầu shogun cuối cùng của Muromachi, Ashikaga Yoshiaki, nhận ông làm con nuôi, nhưng bị từ chối. Không thể trở thành shogun, năm 1585 ông nhận lấy vị tri còn đầy thanh thế hơn là Nhiếp chính quan (kampaku)[9]. Năm 1586, Hideyoshi chính thức được triều đình ban họ Toyotomi[3]. Ông xây dựng một lâu đài to lớn, Jurakudai, năm 1587 và điều khiển Thiên hoàng Go-Yōzei năm sau đó[10].

Sau đó, Hideyoshi khuất phục tỉnh Kii[11] và chinh phục Shikoku của gia tộc Chōsokabe[12]. Ông cũng giành quyền kiểm soát tỉnh Etchū[13] và xâm lăng Kyūshū[14]. Năm 1587, Hideyoshi trục xuất người truyền đạo Thiên chúa khỏi Kyūshū để áp đặt sự thống trị lớn hơn đối với các daimyo Kirishitan (người Nhật theo Thiên chúa giáo)[15]. Tuy nhiên, vì ông vẫn giao thương với châu Âu, những người theo Thiên chúa giáo riêng lẻ được lờ đi. Năm 1588, Hideyoshi cấm nông dân bình thường sở hữu vũ khí và bắt đầu cuộc săn lùng kiếm để sung công vũ khí[16]. Kiếm được nấu chảy để đúc tượng Phật. Biện pháp này ngăn ngừa rất hiệu quả sự phản ứng của nông dân và đảm bảo sự ổn định lớn hơn đặc biệt là từ các daimyo tự do. Cuộc vây hãm Odawara chống lại gia tộc Hậu Hōjō ở đồng bằng Kantō[17] tiêu diệt những kẻ chống đối cuối cùng của Hideyoshi. Chiến thắng của ông đánh dấu sự kết thúc của thời kỳ Sengoku.

Tháng 2 năm 1591, Hideyoshi ra lệnh cho Sen no Rikyū phải tự sát[18]. Rikyū đã từng là một thuộc hạ tin cẩn và là bậc thầy trà đạo dưới thời cả Hideyoshi lẫn Nobunaga. Dưới sự bảo trợ của Hideyoshi, Rikyū tạo ra những thay đổi quan trọng trong mỹ học của trà đạo, ảnh hưởng đến rất nhiều khía cạnh của văn hóa Nhật Bản. Kể cả sau khi ra lệnh buộc Rikyū phải tự sát, Hideyoshi vẫn tiến hành nhiều công trình xây dựng dựa trên những tiêu chuẩn về cái đẹp do Rikyū đề xướng.

Sự ổn định của triều đại Toyotomi sau cái chết của Hideyoshi bị đặt một dấu hỏi lớn sau cái chết của người con trai độc nhất mới 3 tuổi của ông, Tsurumatsu, tháng 9 năm 1591. Khi người em cùng cha khác mẹ Hidenaga qua đời ít lâu sau người con trai, Hideyoshi chọn cháu trai Hidetsugu làm người kế vị, nhận Hidetsugu làm con nuôi vào tháng 1 năm 1592. Hideyoshi rời bỏ chức vụ kampaku rồi nhận tước hiệu taikō (Nhiếp chính về hưu). Hidetsugu được ban tước hiệu kampaku.